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Description:

Following our introductory webinar on how to use Nanopore technology and CyVerse tools to generate and initially process raw sequence data, join us for a step-by-step demonstration of NanoDJ, an app you can find in CyVerse. NanoDJ enables genome assembly analysis using Jupyter Notebooks and test/user data without the need to build a complete software environment. This webinar is aimed especially at users with little experience in command line interface.

Genome assembly is useful in the context of clinical sequencing and species/strain discovery. This webinar, presented by Tamara Hernandez Beeftink, one of the creators of NanoDJ, will offer theoretical and practical information on how to handle the data generated by Nanopore devices, specifically for the reconstruction of a genome. Tamara will discuss preprocessing steps, how to obtain additional information about the process, representation and general interpretation of bacterial genome assemblies. For a quick start guide to using NanoDJ in CyVerse, see here (https://cyverse-nanodj.readthedocs-hosted.com/en/latest/).  

Intro en Espanol:

Únase a nosotros para una demostración paso a paso de NanoDJ, una aplicación que puede encontrar en CyVerse. NanoDJ permite el análisis del ensamblado de genomas utilizando los cuadernos de Jupyter y datos de prueba, sin que el usuario se cree un entorno de software completo. Este seminario web está dirigido especialmente a usuarios con poca experiencia en la interfaz de línea de comandos. El ensamblado de genomas es útil en el contexto de la secuenciación clínica y en el descubrimiento de nuevas especies / cepas. Este seminario web, presentado por Tamara Hernández Beeftink, una de las creadoras de NanoDJ, ofrecerá información teórica y práctica sobre cómo manejar los datos generados por los dispositivos Nanopore, específicamente para la reconstrucción de un genoma bacteriano.

Presenter: Tamara Hernández Beeftink

Tamara Hernández-Beeftink is a doctoral student at Hospital Nuestra Señora de Candelaria, Spain
. She is one of the authors of NanoDJ and is now focusing on the identification of genetics factors involved in the aggravation of sepsis.

 

Video-recording:

  

 

Video-recording en espanol:

 

Presentation Slides:

20190913_CyVerse_FFW_THernandez.pptx (english)

 

Presentation Slides en espanol:

CyVerse Webinar Slides 2019 THB SpanishVersion.pdf (en espanol)

 

Tutorials/Documentation:

https://github.com/genomicsITER/NanoDJ


Background Focus Forum Webinar on Nanopore and CyVerse VICE:

FFW: Nanopore sequence data analysis in the DE (Parts 1 and 2)

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