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Description:

Metagenomic studies using high-throughput sequencing data are becoming popular in fields like ecology and microbiome studies. Our second webinar on NanoDJ Notebooks in CyVerse is geared towards those interested in doing metagenomics using sequencing data but who have little experience with Python/R and command line interface. In this webinar, Héctor Rodríguez Pérez, one of the creators of the NanoDJ app, will demonstrate in steb-by-step format how to do rapid taxonomic classification with quality control steps and visualizations using NanoDJ notebooks and test data in CyVerse. For background, read (https://www.biorxiv.org/content/10.1101/586842v1); for a quick start guide to using NanoDJ in CyVerse, see here (https://cyverse-nanodj.readthedocs-hosted.com/en/latest/).

Intro en Espanol:

Los estudios metagenómicos que utilizan datos de secuenciación de alto rendimiento se están volviendo populares en campos como la ecología y los estudios de microbioma. Nuestro segundo seminario web sobre los cuadernos de NanoDJ en CyVerse está dirigido a aquellos interesados en hacer metagenómica utilizando datos de secuenciación pero que tienen poca experiencia con Python / R y la interfaz de línea de comandos. En este seminario web, Héctor Rodríguez Pérez, uno de los creadores de la aplicación NanoDJ, demostrará paso a paso cómo hacer una clasificación taxonómica rápida con pasos de control de calidad y visualizaciones utilizando cuadernos de NanoDJ y datos de prueba en CyVerse. Para antecedentes, lea (https://www.biorxiv.org/content/10.1101/586842v1); para acceder a una guía de inicio rápido sobre el uso de NanoDJ en CyVerse, consulte aquí (https://cyverse-nanodj.readthedocs-hosted.com/en/latest/). Los materiales para este seminario web se encuentran aquí: https://wiki.cyverse.org/wiki/pages/viewpage.action?pageId=45328046

Presenter: Héctor Rodríguez Pérez 

Héctor Rodríguez Pérez is a Bioinformatics PhD student at Hospital Universitario Nuevo Senora Candelaria and Universidad de La Laguna, Spain. He is one of the authors of NanoDJ and is now focusing on metagenomic analysis of microbiome using high-throughput sequencing data.

Presentation Slides:

20190927_FFWmetagen_slides.pdf

Presentation Slides en espanol:

20191015_FFWmetagen_espanol.pdf

Video-recording

Video-recording en espanol:

 

Tutorials/Documentation: 

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